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[Institut fuer Informatik] [Leerraum] [Humboldt-Universitaet zu Berlin]

Seminar: Syntaxanalyse von Genomdaten

Vor dem Hintergrund der fortschreitenden Genom-Großprojekte verschiebt sich der Schwerpunkt der rechnergestützten Sequenzanalysen zunehmend hin zu komplexeren Fragestellungen. Es genügt längst nicht mehr, lokale Übereinstimmungen zwischen einer Anfrage und einem Text oder Entsprechungen in einem Sequenzrepositorium zu finden.

Ganze Klassen von Aufgabenstellungen lassen sich nicht auf das herkömmliche Schema von Anfrage vs. Suchtext reduzieren. Deswegen hat die Familie der Such- und Vergleichsalgorithmen Erweiterungen erfahren. Im Seminar sollen Neuerungen der letzten Jahre wie SSAHA, VMATCH, megaBLAST, (M)LAGAN behandelt werden. An ausgewählten neueren Befunden der Genomforschung soll herausgearbeitet werden, welche algorithmische Vorgehensweise prädestiniert ist für spezialisierte Fragestellungen der Lebenswissenschaften.

Die Auftaktveranstaltung findet am 15. 04. 2005, 13:00 Uhr in RUD25 R. 3.101 statt. Das Seminar wird in Form eines ganztägigen Blockseminars am 24. 06. 2005 in RUD 25 Raum 3.101 abgehalten. Jeder Teilnehmer wird einen ca. 30 minütigen Vortrag halten und eine 5-10-seitige Ausarbeitung zum bearbeiteten Thema erstellen (Termin für die Abgabe ist der 08. Juli 2005).

Weitere Informationen

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