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[Institut fuer Informatik] [Leerraum] [Humboldt-Universitaet zu Berlin]

DBnovo - Datenbankgestützte Online Sequenzierung

Intelligente datenabhängige Massenspektrometrie (LTQ-TF)

Das Szenario: In der Proteomforschung fallen Massenspektren von Peptidgemischen in rascher Taktfolge an. Die Kopplung eines Trennsystems (HPLC) mit dem Massenspektrometer (MS) führt zu Zeitfenstern, in denen die verschiedenen Protein- und Peptidspezies gemessen werden können. Dabei können teilweise sehr unterschiedliche Konzentrationen von gleichzeitig detektierbaren, aber unterschiedlichen Spezies auftreten.

Es ist daher sinnvoll und wünschenswert, das Massenspektrometer nicht nach einer starren und vorgegebenen Prozesssteuerung arbeiten zu lassen, sondern intelligent und datenabhängig in die Messungen einzugreifen.

 

Link: Projekt Trac Massenspektrometrie (MSpec intern)

Link: Projekt Trac Massenspektrometrie (DBnovo intern)

Die entstehende Software wird den Namen DBnovo Sequencing tragen.

Projektpartner

Analytische Chemie (Prof. Linscheid)
Institut für Chemie, Humboldt-Universität zu Berlin

Ansprechpartner: Manuel Heidelmeyer

 

Lehrstuhl für Datenbanken und Informationssysteme (Prof. Freytag)
Institut für Informatik, Humboldt-Universität zu Berlin

Ansprechpartner: Stephan Heymann

 

Extern: Thermo Fisher Scientifc GmbH Bremen

Ansprechpartner: Christoph Henrich, Andreas Kühn, Katja Tham



[Punkt]  DFG-Forschergruppe Stratosphere

[Punkt]  DFG-Graduate School SOAMED

[Punkt]  DFG-Graduate School METRIK

[Punkt]  Verweisbasierte Anfrageausführung

[Punkt]  Web of Trusted Data

[Punkt]  Query Optimization in RDF Databases

[aktiver Punkt]  DBnovo - Datenbankgestützte Online Sequenzierung



Ansprechpartner

+49 30 2093-3020